R4をちょっとむさぼってます。
スキン変更をしてみます。

【準備する物】
１．R4
　　もちろん、これでスキンを表示するわけですから。。。
　　ちなみにカーネルは英語版『R4 v1.08 kernel』です。

２．スキン
　　R4公式HPより『R4 DIY Skin』をダウンロードしました。

では、始めます。

【手順】
１．スキンをHDDの任意の場所に解凍します。
　　すると以下のように展開されます。

　　(解凍場所)\_system_\(４ファイル)

　　★４ファイル：logo.bmp、bckgrd_1.bmp、bckgrd_2.bmp、icons.bmp

２．microSDに以下の場所にコピーします。
　　
　　(root)\_system_\themes\theme01\(４ファイル)

　　注意：R4は最大12ヶ月分のスキンを使用できます。
　　　　　ここでは、元々存在する『theme01』フォルダを
　　　　　『theme01_』に変更し、残したまま
　　　　　『theme01』を作成し、その中に今回のスキン４ファイルをコピーしました。

３．R4にmicroSDを差し込み、NDSを起動します。

どうですか？
以下のように変わりましたか？

（NDS上画面）logo.bmp


（NDS下画面）icons.bmp


ちなみに残りのbckgrd_1.bmp、bckgrd_2.bmpは
メニューからGAMEを選択後に表示される背景に使用されます。

これらのファイルは以下の条件を満たせば
自分で作成したものをスキンにすることができます。

（１）ファイル形式はbmpで
　　　8bit Colorsまたは24bit Colorsであること。
（２）スキンのファイル名は一言一句以下の名前であること。
　　　・logo.bmp　・・・メニュー画面の上画像
　　　・icons.bmp　・・・メニュー画面の下画像
　　　・bckgrd_1.bmp・・・GAME画面の上画像
　　　・bckgrd_2.bmp・・・GAME画面の下画像

　　　とくにメニュー画面のアイコン部分の表示領域が決まっている
　　　ずれないためにもレイアウト調整する必要あります。

（３）画像サイズは256*192のとおりであること。

M3 Simplyのスキン解説のページですが
詳細はここを参考にしてください。